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Isolation, Characterization and Genomics of φ RIO-1, a Novel Marine Bacteriophage of Pseudoalteromonas marina : Pseudoalteromonas marina를 숙주로 하는 새로운 해양 박테리오파지 φ RIO-1의 분리•동정과 특성 및 유전체 규명
DC Field | Value | Language |
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dc.contributor.advisor | 조병철 | - |
dc.contributor.author | 황연주 | - |
dc.date.accessioned | 2019-06-25T16:37:55Z | - |
dc.date.available | 2019-06-25T16:37:55Z | - |
dc.date.issued | 2012-02 | - |
dc.identifier.other | 000000001521 | - |
dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/10371/155618 | - |
dc.identifier.uri | http://dcollection.snu.ac.kr/jsp/common/DcLoOrgPer.jsp?sItemId=000000001521 | - |
dc.description | 학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 지구환경과학부, 2012. 2. 조병철. | - |
dc.description.abstract | While Pseudoalteromonas are ubiquitous in the worlds oceans, only two Pseudoalteromonas bacteriophages belong to the Corticoviridae and the Siphoviridae families have been reported. Here, a new lytic Pseudoalteromonas marina φ RIO-1 isolated from coastal seawater was characterized and completely sequenced. Φ RIO-1 possesses an icosahedral head (51 nm diameter) and a short, non-contractile tail (15×12 nm). The φ RIO-1 genome is a double-stranded DNA of 43,761 bp with a G+C content of 44.7%. The buoyant density in CsCl of φ RIO-1 was 1.47 g/ml. Putative functions could be assigned to only 14 out of 58 predicted open reading frames. Eight putative promoters, 2 predicted rho-independent terminators and no tRNA were determined through bioinfomatic analysis. The predicted structural proteins of φ RIO-1, generated by SDS-PAGE and mass spectrometry using purified phage particles, were revealed to have molecular weight of 35.1 and 73.1 kD. Comparative genome and CoreGenes analyses indicated that the φ RIO-1 genome shares a lot of homologs with phage PA11. Also φ RIO-1 is thought to be a distinguished another genus in Podoviridae family through the phylogenetic analysis. The adsorption rate of φ RIO-1 to the host bacterium was 6.47 X 10-11 ml/min. In a one step growth test, φ RIO-1 was shown having a latent period of about 58 minutes. And a burst size of φ RIO-1 is around 100 PFU at various MOIs, exceptionally high. Φ RIO-1 was stable at pH 3-11 and 20–50 ℃ and resistant to chloroform and diethyl ether. In host range test, none of the tested strains was found susceptible, indicating a narrow host range for φ RIO-1. Φ RIO-1 seems to be a new genus of the Podoviridae family through characterization and bioinformatics analysis. To our knowledge, this report represents the first Pseudoalteromonas phage of the Podoviridae family to be sequenced and characterized.
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dc.description.abstract | Pseudoalteromonas 속의 박테리아는 세계 해역에서 흔하게 존재하지만, Pseudoalteromonas를 숙주로 하는 박테이오파지는 Corticoviridae family와 Siphoviridae family에 속하는 2종 만이 보고되었다.
본 연구에서는, 연안 해수에서 분리되었고 Pseudoalteromonas marina를 숙주로 하는 새로운 용균성 박테리오파지 RIO-1의 생리 • 생화학적 특성에 관하여 연구하고 전체 염기서열을 분석하였다. 박테리오파지 RIO-1는 지름 51 nm 의 icosahedral head와 길이 15 nm, 두께 12 nm의 수축성이 없는 짧은 tail을 가지고 있다. 박테리오파지 RIO-1의 유전자는 이중가닥 DNA로 길이는 43,761 bp이며 G+C 함유량은 44.7%이다. 박테리오파지 RIO-1의 CsCl 용액에서의 부유밀도 (buoyant density)는 1.47 g/ml이다. 생물 정보학 분석결과 58 개의 open reading frames 중 14개만이 기능을 추정 할 수 있었다. 또한 8개의 promoter, 2개의 rho-independent terminator가 있는 것으로 예측되었으며, tRNA는 없는 것으로 밝혀졌다. 순수 분리된 박테리오파지를 이용하여 SDS-PAGE를 분석한 결과 두 개의 밴드가 나타났으며, 각 밴드를 질량분석법(MS)을 통해 분석한 결과 각각 분자량 35.1 과 73.1 kD를 가지는 구조 단백질을 추정할 수 있었다. 유전자 비교와 CoreGenes 프로그램 분석 결과 박테리오파지 RIO-1 의 유전자는 박테리오파지 PA11과 가장 많은 상동 부분을 가지는 것으로 밝혀졌다. 또한 계통수 분석결과를 통해서 박테리오파지 RIO-1는 Podoviridae family 내에서 구분되는 다른 속에 속하는 것으로 생각된다. 숙주 박테리아에 대한 박테리오파지 RIO-1 의 흡착률은 6.47 X 10-11 ml/min 이었다. 성장곡선 실험 결과 박테리오파지 RIO-1의 잠복기는 약 58분이었으며, 방출량이 높게 나타난 예외의 감염다중도(MOI)를 제외하고는 다양한 감염다중도(MOI)에서 방출량은 약 100 PFU였다. 박테리오파지 RIO-1 는 pH 3-11 과 20–50 ℃에서는 안정하고 chloroform과 diethyl ether에 관해서는 저항성이 있었다. 박테리오파지 RIO-1의 숙주 범위를 실험하기 위해 사용된 균주들에 관해서는 감염성이 없는 것으로 보아 박테리오파지 RIO-1는 매우 좁은 범위의 숙주 범위를 가지는 것으로 보였다. 박테리오파지의 생리 • 생화학적 특성과 생물 정보학 분석을 통해서 박테리오파지 RIO-1 는 Podoviridae family 내의 새로운 속에 포함되는 것으로 생각된다. 본 논문은 Podoviridae family 중에서 Pseudoalteromonas를 숙주로 하는 박테리오파지의 유전체 분석과 특성을 규명한 첫 번째 연구이다. | - |
dc.format.extent | 86 | - |
dc.language.iso | eng | - |
dc.publisher | 서울대학교 대학원 | - |
dc.subject.ddc | 550 | - |
dc.title | Isolation, Characterization and Genomics of φ RIO-1, a Novel Marine Bacteriophage of Pseudoalteromonas marina | - |
dc.title.alternative | Pseudoalteromonas marina를 숙주로 하는 새로운 해양 박테리오파지 φ RIO-1의 분리•동정과 특성 및 유전체 규명 | - |
dc.type | Thesis | - |
dc.type | Dissertation | - |
dc.contributor.AlternativeAuthor | Yeon Ju Hwang | - |
dc.description.degree | Master | - |
dc.contributor.affiliation | 지구환경과학부 | - |
dc.date.awarded | 2012-02 | - |
dc.contributor.major | 미생물해양학 | - |
dc.identifier.holdings | 000000000006▲000000000011▲000000001521▲ | - |
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