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방선균 Streptomyces coelicolor에서 sigma 인자 σR에 의해 조절되는 유전자들
Regulation of SigR-dependent genes in Streptomyces coelicolor

DC Field Value Language
dc.contributor.advisor노정혜-
dc.contributor.author김해민-
dc.date.accessioned2019-06-25T15:54:13Z-
dc.date.available2019-06-25T15:54:13Z-
dc.date.issued2012-02-
dc.identifier.other000000000060-
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10371/155050-
dc.identifier.urihttp://dcollection.snu.ac.kr/jsp/common/DcLoOrgPer.jsp?sItemId=000000000060-
dc.description학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 생명과학부, 2012. 2. 노정혜.-
dc.description.abstractHopanoids are pentacyclic triterpenoids that are thought to be predecessors of eukaryotic sterols, acting to regulate fluidity and permeability of the cell membrane. Hopanoids exist only within 10% of genome sequenced bacteria and its regulation and function are poorly understood, to date. Chromatin Immunoprecipitation on chip revealed that σR binds the promoter region of hopanoid biosynthetic gene cluster (HBGC) in Streptomyces coelicolor. σR is a member of extracytoplasmic function (ECF) sigma factor family and is known to respond to thiol-specific oxidative stress. By S1 nuclease mapping analysis, HBGC has two promoters, one is SigR dependent p2 and the other is SigR independent p1. We also identified SigR dependent transcription from hopE (squalene synthase, SCO6759) to hopA (squalene-hopene cyclase, SCO6764). Functional analysis of hopanoids in S. coelicolor was performed by creating ΔhopE and Δhop strains. These mutant strains showed no growth defect in solid media, comparing with wild type stain. However, when they were subjected to ultra violet light, diamide, KCl, SDS, and 34% sucrose media, severe or slight growth defect was observed. This suggests that hopanoids play an important role in physiology of S. coelicolor.
RsrA, anti-sigma factor of SigR, contains one zinc molecule in reduced condition and releases 1 mol of zinc per mol of RsrA when oxidized. N,N,N′,N′-Tetrakis-(2-pyridylmethyl)ethylenediamine (TPEN), zinc and iron chelating agent, was treated at various concentration and time points to see σR-dependent transcription in vivo. According to the result of S1 nuclease mapping analysis, sigR p2 was induced by TPEN in a dose dependent manner. Also, TPEN and diamide, thiol oxidizing agent, were treated together to induce sigR p2 and combination of two stimulants showed synergistic behavior.
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dc.description.abstractHopanoids는 pentacyclic triterpenoids로써 eukaryotic sterols의 조상 격이라 할 수 있다. Sterol은 세포막의 유동성과 투과성을 조절 한다고 알려져 있다. 시퀀싱이 완료된 박테리아의 10% 가량이 hopanoids를 가지고 있으며 오늘날 조절기작과 기능은 많은 공부가 되어 있지 않다. Chromatin Immunoprecipitation on chip을 통하여Streptomyces coelicolor에서 σR이 hopanoid 생합성 유전 다발의 promoter 지역에 붙는다는 분석이 존재 한다. σR은 thiol 특이적 산화적 스트레스에 반응하며 extracytoplasmic function sigma factor로 알려져 있다. S1 nuclease mapping 분석을 통하여 hopanoids 생합성 유전 다발은 2개의 promoter를 가지고 있음을 확인 하였으며, σR 의존적 promoter는 p2 σR 비의존적 promoter는 p1으로 명명 하였다. 또한 hopanoids 생합성 유전다발은 squalene 합성효소 (hopE, SCO6759)에서 squalene-hopene 순환효소 (hopA, SCO6764)까지 σR의 전사 조절을 받음을 확인 하였다. Hopanoids의 기능 분석을 위하여 S. coelicolor ΔhopE 와 Δhop 균주가 제작 되었다. 이 변이 균주들은 고체 배지에선 정상균주 대비 정상적인 생장을 보였으나, 자외선, diamide, KCl, SDS, 34% sucrose 액체 배지에서 정상균주 대비 늦은 생장을 보였다. 이로 미루어 보아 hopanoids 는 S. coelicolor의 생리에 중요한 역할을 할 것으로 추정 된다.
RsrA는 σR의 항시그마 인자로써 환원 환경에서 하나의 아연을 가지고 있으며 산화적 환경에서 하나의 아연을 내놓는 것으로 알려져 있다. 아연과 철을 킬레이트화 시키는 N,N,N´,N´-Tetrakis-(2-pyridylmethyl)ethylenediamine (TPEN)을 다양한 농도와 시간대에 처리하여 σR의존적 전사를 in vivo로 관찰 하였다. S1 nuclease mapping 분석을 통하여 sigRp2가 TPEN의 농도가 올라감에 따라 전사량이 증가함을 확인 하였다. 또한 thiol기를 산화시키는 diamide라는 물질을 TPEN과 혼합 처리하여 sigRp2가 두 물질의 상승효과를 얻고 과량 전사 됨을 확인 하였다.
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dc.format.extent63-
dc.language.isoeng-
dc.publisher서울대학교 대학원-
dc.subject.ddc570-
dc.title방선균 Streptomyces coelicolor에서 sigma 인자 σR에 의해 조절되는 유전자들-
dc.title.alternativeRegulation of SigR-dependent genes in Streptomyces coelicolor-
dc.typeThesis-
dc.typeDissertation-
dc.contributor.AlternativeAuthorHaemin Kim-
dc.description.degreeMaster-
dc.contributor.affiliation생명과학부-
dc.date.awarded2012-02-
dc.contributor.major분자미생물학-
dc.identifier.holdings000000000006▲000000000011▲000000000060▲-
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College of Natural Sciences (자연과학대학)Dept. of Biological Sciences (생명과학부)Theses (Master's Degree_생명과학부)
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