Identification of microRNAs and their target genes in chili pepper (Capsicum annuum)

Abstract

이번 연구에서는 고추의 서로 다른 10개의 small RNA library를 이용하여 high-throughput sequencing을 진행하였고, 그 결과 29개의 family에 해당하는 128개의 conserved microRNA (miRNA)와 35개의 family에 해당하는 50개의 novel miRNA 를 대량으로 발굴하였다. 이들에 대한 northern blot 분석실험을 진행하여, 그들의 in vivo 발현을 다시 증명하고 조직 특이적인 또는 발달단계 특이적인 발현양상을 분석하였다. 또한, 생물정보학을 기반으로 331개의 conserved miRNA 표적유전자와 57개의 novel miRNA의 표적유전자들을 예측하였고, 5 RNA liagse mediated-rapid amplification of cDNA ends (5 RLM-RACE) 실험으로 이들 중 많은 표적유전자를 증명하였다. 이번 연구는 고추 miRNA들을 대규모로 발굴한 최초의 연구이며, 고추를 비롯한 가지과 식물 전반에 걸쳐 miRNA의 기능을 연구하고 이해하는데 중요한 기반이 될 것이다.