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Integration of molecular genomics and archaeological data reveals the chronological history of soybean
DC Field | Value | Language |
---|---|---|
dc.contributor.advisor | 이석하 | - |
dc.contributor.author | 김수경 | - |
dc.date.accessioned | 2017-07-13T17:38:15Z | - |
dc.date.available | 2017-07-13T17:38:15Z | - |
dc.date.issued | 2014-08 | - |
dc.identifier.other | 000000021795 | - |
dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/10371/120989 | - |
dc.description | 학위논문 (박사)-- 서울대학교 대학원 : 식물생산과학부, 2014. 8. 이석하. | - |
dc.description.abstract | 야생종이 서식하는 지역에서 발견된 고고학자료와 유전적 다양성을 비교하여 콩의 작물화 역사를 살펴보고자 한다. 콩은 젼셰계에서 중요한 작물로 단백질을 비롯 중요 영양소를 공급하는 작물이다. 콩 야생종과 재배종은 형태적으로 차이가 많은데 그 진화 과정은 상세히 알려지지 않았다. 본 연구는 콩의 재배종이 야생종애서 분화된 시점에서 현재까지 진화과정의 timeline을 추정하고자 한다. 콩의 기원지는 한국, 일본 또는 중국일 가능성이 높으므로 이 지역에서 수집된 104립에서 전 20개 염색체를 총괄하는 89개의 SSR primer를 이용하여 집단구조와 geneland의 유전적 다양성 분석하였다. 콩의 geneland 결과와 약 9,000 cal. BP 경 신석기시대부터 형성된 문화교류권이 거의 일치함을 밝혔다. 또 SSR 표식에 기반한 phylogenetic tree에서 추출돤 12개의 대표적인 콩과 서해안에 1208년 침몰된 고려시대 배에서 발굴된 콩으로 추정되는 시료를 시퀀싱 하였다. 본 연구는 800여년전 고려시대 콩이 야생 allele를 다량 보유하고 있음을 확인하였다. 이는 고려시대에도 재배콩 야생종과 재배콩이 혼재 heterogeneous pool에서 선발되었음을 암시한다. 콩은 동북아에서 20세기 전까지는 여러 문화권의 교류과정에서 mass selection을 통해 재배 되었으리라 추정된다. | - |
dc.description.tableofcontents | GENERAL ABSTRACT i
LIST OF FIGURES vii LIST OF TABLES xi LIST OF ABBREVIATIONS xiv GENERAL INTRODUCTION 1 LITERATURAL REVIEWS 4 Plant domestication 4 Genetic simple sequence repeat (SSR) markers 6 Next generation sequencing 8 REFERENCES 10 CHAPTER I 22 Genetic analyses of soybean using SSR markers 22 ABSTRACT 23 INTRODUCTION 25 MATERIAL AND METHODS 28 Sample collection and DNA extractions 28 Simple sequence repeats (SSR) genotyping 32 Statistical analysis 36 RESULTS 38 Genetic variation within and among soybean populations 38 SSR genotyping analyses 42 SSR phylogenetic tree 52 DISCUSSION 54 REFERENCES 61 CHAPTER II 72 Low coverage next generation sequencing of 12 representative Glycine soja and Glycine max 72 ABSTRACT 73 INTRODUCTION 74 MATERIAL AND METHODS 76 G. max and G. soja low coverage sequencing and data 76 RESULTS AND DICUSSIONS 78 Resequencing data and SNP identification 78 Genomic divergence between G. max and G. soja 84 REFERENCES 88 CHAPTER III 93 Sequencing of archeological soybean from a Korean Taean-Mado shipwreck No. 1. 93 ABSTRACT 94 INTRODUCTION 95 MATERIAL AND METHODS 97 Radiocarbon dating 97 Preservation of archaeological soybean pod 97 Archaeological soybean Illumina sequencing 97 Archaeological soybean data analysis 100 Evolutionary tree 102 RESULTS 103 DISCUSSION 115 REFERENCES 119 국문 초록 124 | - |
dc.format | application/pdf | - |
dc.format.extent | 2748986 bytes | - |
dc.format.medium | application/pdf | - |
dc.language.iso | en | - |
dc.publisher | 서울대학교 대학원 | - |
dc.subject | undomesticated soybean | - |
dc.subject | domesticated soybean | - |
dc.subject | sequencing | - |
dc.subject | domestication | - |
dc.subject | heterogeneous | - |
dc.subject | mass selection | - |
dc.subject.ddc | 633 | - |
dc.title | Integration of molecular genomics and archaeological data reveals the chronological history of soybean | - |
dc.type | Thesis | - |
dc.contributor.AlternativeAuthor | KIM SUE KYUNG | - |
dc.description.degree | Doctor | - |
dc.citation.pages | i, 125 | - |
dc.contributor.affiliation | 농업생명과학대학 식물생산과학부 | - |
dc.date.awarded | 2014-08 | - |
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