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Integration of molecular genomics and archaeological data reveals the chronological history of soybean

DC Field Value Language
dc.contributor.advisor이석하-
dc.contributor.author김수경-
dc.date.accessioned2017-07-13T17:38:15Z-
dc.date.available2017-07-13T17:38:15Z-
dc.date.issued2014-08-
dc.identifier.other000000021795-
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/10371/120989-
dc.description학위논문 (박사)-- 서울대학교 대학원 : 식물생산과학부, 2014. 8. 이석하.-
dc.description.abstract야생종이 서식하는 지역에서 발견된 고고학자료와 유전적 다양성을 비교하여 콩의 작물화 역사를 살펴보고자 한다. 콩은 젼셰계에서 중요한 작물로 단백질을 비롯 중요 영양소를 공급하는 작물이다. 콩 야생종과 재배종은 형태적으로 차이가 많은데 그 진화 과정은 상세히 알려지지 않았다. 본 연구는 콩의 재배종이 야생종애서 분화된 시점에서 현재까지 진화과정의 timeline을 추정하고자 한다. 콩의 기원지는 한국, 일본 또는 중국일 가능성이 높으므로 이 지역에서 수집된 104립에서 전 20개 염색체를 총괄하는 89개의 SSR primer를 이용하여 집단구조와 geneland의 유전적 다양성 분석하였다. 콩의 geneland 결과와 약 9,000 cal. BP 경 신석기시대부터 형성된 문화교류권이 거의 일치함을 밝혔다. 또 SSR 표식에 기반한 phylogenetic tree에서 추출돤 12개의 대표적인 콩과 서해안에 1208년 침몰된 고려시대 배에서 발굴된 콩으로 추정되는 시료를 시퀀싱 하였다. 본 연구는 800여년전 고려시대 콩이 야생 allele를 다량 보유하고 있음을 확인하였다. 이는 고려시대에도 재배콩 야생종과 재배콩이 혼재 heterogeneous pool에서 선발되었음을 암시한다. 콩은 동북아에서 20세기 전까지는 여러 문화권의 교류과정에서 mass selection을 통해 재배 되었으리라 추정된다.-
dc.description.tableofcontentsGENERAL ABSTRACT i
LIST OF FIGURES vii
LIST OF TABLES xi
LIST OF ABBREVIATIONS xiv
GENERAL INTRODUCTION 1
LITERATURAL REVIEWS 4
Plant domestication 4
Genetic simple sequence repeat (SSR) markers 6
Next generation sequencing 8
REFERENCES 10
CHAPTER I 22
Genetic analyses of soybean using SSR markers 22
ABSTRACT 23
INTRODUCTION 25
MATERIAL AND METHODS 28
Sample collection and DNA extractions 28
Simple sequence repeats (SSR) genotyping 32
Statistical analysis 36
RESULTS 38
Genetic variation within and among soybean populations 38
SSR genotyping analyses 42
SSR phylogenetic tree 52
DISCUSSION 54
REFERENCES 61
CHAPTER II 72
Low coverage next generation sequencing of 12 representative Glycine soja and Glycine max 72
ABSTRACT 73
INTRODUCTION 74
MATERIAL AND METHODS 76
G. max and G. soja low coverage sequencing and data 76
RESULTS AND DICUSSIONS 78
Resequencing data and SNP identification 78
Genomic divergence between G. max and G. soja 84
REFERENCES 88
CHAPTER III 93
Sequencing of archeological soybean from a Korean Taean-Mado shipwreck No. 1. 93
ABSTRACT 94
INTRODUCTION 95
MATERIAL AND METHODS 97
Radiocarbon dating 97
Preservation of archaeological soybean pod 97
Archaeological soybean Illumina sequencing 97
Archaeological soybean data analysis 100
Evolutionary tree 102
RESULTS 103
DISCUSSION 115
REFERENCES 119
국문 초록 124
-
dc.formatapplication/pdf-
dc.format.extent2748986 bytes-
dc.format.mediumapplication/pdf-
dc.language.isoen-
dc.publisher서울대학교 대학원-
dc.subjectundomesticated soybean-
dc.subjectdomesticated soybean-
dc.subjectsequencing-
dc.subjectdomestication-
dc.subjectheterogeneous-
dc.subjectmass selection-
dc.subject.ddc633-
dc.titleIntegration of molecular genomics and archaeological data reveals the chronological history of soybean-
dc.typeThesis-
dc.contributor.AlternativeAuthorKIM SUE KYUNG-
dc.description.degreeDoctor-
dc.citation.pagesi, 125-
dc.contributor.affiliation농업생명과학대학 식물생산과학부-
dc.date.awarded2014-08-
Appears in Collections:
College of Agriculture and Life Sciences (농업생명과학대학)Dept. of Plant Science (식물생산과학부)Theses (Ph.D. / Sc.D._식물생산과학부)
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