eggless mutant에서 발현이 증가하는 putative non-coding RNA (PNCR)의 기능 규명

Abstract

eggless (dSETDB1)는 초파리의 난소형성에 중요한 역할을 하는 histone methyltransferase (H3K9me3) 계열의 효소로써, 이 유전자가 제대로 발현되지 않을 경우 piRNA 감소, apoptosis 등의 현상이 발생하며 그 중에서 putative non-coding RNA (PNCR)의 발현량이 변하는 것을 관찰할 수가 있다. PNCR은 2005년 PNAS 논문에서 발굴한 17개의 non-coding RNA로써, 일부를 제외하면 아직 기능이 제대로 밝혀지지 않은 long non-coding transcripts이다. RNA-sequencing 자료를 분석한 결과, pncr003:2L 후보가 eggless mutant ovary에서 wild type (w1118)보다 20배 증가한 것을 확인하였다. 이 전사체의 기능을 알아보기 위해 OSC transfection을 진행하였는데, 그 결과 OSC의 세포수가 증가한 것을 확인하였다. 이 현상을 규명하기 위해 세포 수 증가와 관련된 여러 표적유전자를 검색하여 이에 대한 qRT-PCR을 진행하였으며, 그 중에서 string 이라는 유전자가 이에 관련된 것을 확인하였다. 이를 명확하게 하기 위해 이와 관련된 DREF, OSA 단백질과 pncr003:2L 간의 상호작용을 확인하려 하였으나 실험설계의 문제로 명확하게 밝혀내지 못하였다. eggless 와 pncr003:2L에 대해서는 직접적인 상관관계는 찾아내지 못했지만, apoptosis와 관련이 있을 것으로 추정된다.