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결핵균의 신속 약제 감수성 검사를 위한 단일세포 추적 자동 현미경 시스템 : Automated sigle-cell tracking microscope system for rapid drug susceptibility test of M. tuberculosis

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dc.contributor.advisor김희찬-
dc.contributor.author김기정-
dc.date.accessioned2017-07-27T16:30:58Z-
dc.date.available2017-07-27T16:30:58Z-
dc.date.issued2016-08-
dc.identifier.other000000136291-
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/10371/134961-
dc.description학위논문 (박사)-- 서울대학교 대학원 : 의용생체공학전공, 2016. 8. 김희찬.-
dc.description.abstract본 논문은 결핵균의 신속한 약제 감수성 검사를 위해 구현한 고속의 자동 촬영 시스템을 제시한다. 기존의 결핵균 약제 감수성 검사에 사용되고 있는 수동 배양 검사 방법은 효율이 낮아 많은 양의 검사를 처리하는데 오랜 시간이 걸리는 한계를 가지고 있다. 이를 해결하기 위해 결핵균과 다양한 농도의 약제가 있는 DAC 웰 플레이트를 자동으로 이송하는 로봇팔 시스템과 실험 프로파일을 인식하는 바코드 시스템, 자동으로 동일한 위치를 찾아 결핵균의 배양 상태를 촬영할 수 있는 시스템을 구현하였다. DAC 웰 플레이트에는 인식부호를 설계하여 부착하여 단일 세포를 추적하여 촬영 할 때 3차원상의 동일한 위치를 찾아낼 수 있도록 하였다. 결핵균은 1-4 um 정도 크기를 갖는 막대 모양의 균이므로 배양 상태를 정확하게 촬영하기 위해서는 수 마이크로미터의 위치 오차만을 허용하는 고속 자동 초점 시스템을 구현해야 한다. 이를 위해 두 단계로 인식부호를 검출하는 알고리즘을 구현하여, 1 단계로 z축 방향으로 900 um를 이동하면서 인식부호의 위치를 추정해 내고, 2 단계로 정밀 초점 작업을 하여 4 um 이내의 높이 편차를 가지도록 촬영 장비의 위치를 정렬할 수 있음을 확인하였다. 개발된 시스템은 배양에 기반한 기존의 검사방법과 비교하여 짧은 9일 검사시간과 94%의 높은 정확도를 가짐을 확인하였으며 다른 배양 실험에도 활용할 수 있을 것으로 기대한다.-
dc.description.tableofcontents1. 서론 1
1.1. 결핵 1
1.1.1. 결핵의 현황 2
1.2. 결핵의 기존 진단 방법 4
1.2.1. 흉부X선 검사 4
1.2.2. 검사실 진단 7
1.3. DAC(Disk Agarose Culture)칩 약제 감수성 검사 26
1.3.1. 칩의 설계와 제조과정 26
1.3.2. 약제 감수성 검사 과정 27
1.4. 기존 약제 감수성 검사의 한계 29
1.5. DAC 칩을 사용한 수동 약제 감수성 검사의 한계 30
1.6. 연구 목표 31

2. 재료 및 방법 32
2.1. DAC 칩 플레이트 자동 촬영 시스템 32
2.1.1. 시스템의 구성 32
2.1.2. 다배율 고속 촬영 시스템 34
2.1.3. 로봇암(Robot Arm) DAC 칩 플레이트 이송 시스템 38
2.1.4. 바코드 시스템 39
2.2. 인식부호(Fiducial Marker)의 설계 42
2.2.1. 인식부호의 요구조건 42
2.2.2. 인식 부호의 평가요건 43
2.2.3. 다배율 고속 촬영을 위한 인식부호의 제안 44
2.3. 인식 부호의 고속 검출을 위한 이미지 처리 46
2.3.1. 이미지 처리 알고리즘의 요구조건 46
2.3.2. 이미지 처리 과정 47
2.4. Z축 방향 자동 초점 알고리즘 54
2.4.1. 개요 54
2.4.2. 2 단계 자동 초점 알고리즘 56
2.5. DAC 칩 플레이트 제조 59
2.5.1. 양질의 촬영을 위한 투과도 측정 59
2.5.2. 인식 부호의 검출된 높이 편차 측정 61
2.5.3. DAC 칩 플레이트의 접합 강도 측정 63
2.5.4. 구동 소프트웨어 65

3. 실험 및 결과 66
3.1. H37Rv 균주에 대한 MIC 값 측정 66
3.1.1. AM(Amikacin) 약제에 대한 촬영 결과 67
3.1.2. CPM(Capreomycin)약제에 대한 촬영 결과 70
3.1.3. KM(Kanamycin) 약제에 대한 촬영 결과 73
3.1.4. LXF(Levofloxacin) 약제에 대한 촬영 결과 76
3.2. 임상 02841 균주에 대한 2차 항결핵제의 MIC 값 측정 79
3.2.1. AM(Amikacin) 약제에 대한 촬영 결과 79
3.2.2. CPM(Capreomycin)약제에 대한 촬영 결과 81
3.2.3. KM(Kanamycin) 약제에 대한 촬영 결과 83
3.2.4. LXF(Levofloxacin) 약제에 대한 촬영 결과 85
3.3. 광범위성 내성 결핵균 진단을 위한 한계농도 결정 87
3.3.1. AM에 대한 77개 균주들의 MIC값 측정 결과 87
3.3.2. CPM에 대한 77개 균주들의 MIC값 측정 결과 88
3.3.3. KM에 대한 77개 균주들의 MIC값 측정 결과 88
3.3.4. LXF에 대한 77개 균주들의 MIC값 측정 결과 88
3.3.5. 2차 항결핵약제 AM, CPM, KM, LXF에 대한 한계농도 결정 89
3.4. 기준시험법(Gold Standard)과의 비교실험 91
3.4.1. LJ 배지법을 이용한 비교실험 91
3.4.2. M-kit 균액 접종 방법 92
3.4.3. 비교 실험결과 93

4. 결론 95
4.1. 토의 95
4.1.1. 연구 결과 95
4.1.2. 후속 연구 제안 96

ABSTRACT 97

참고 문헌 99
-
dc.formatapplication/pdf-
dc.format.extent2999013 bytes-
dc.format.mediumapplication/pdf-
dc.language.isoko-
dc.publisher서울대학교 대학원-
dc.subject결핵균-
dc.subject약제 감수성 검사-
dc.subject배양-
dc.subject오토메이션-
dc.subject자동 초점-
dc.subject인식부호-
dc.subject.ddc610-
dc.title결핵균의 신속 약제 감수성 검사를 위한 단일세포 추적 자동 현미경 시스템-
dc.title.alternativeAutomated sigle-cell tracking microscope system for rapid drug susceptibility test of M. tuberculosis-
dc.typeThesis-
dc.contributor.AlternativeAuthorKi-jung Kim-
dc.description.degreeDoctor-
dc.citation.pagesix, 104-
dc.contributor.affiliation공과대학 협동과정-
dc.date.awarded2016-08-
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