Sequence Coverage Enhancement Using Magnetic Nanoparticles in Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometric Protein Analysis

Abstract

Magnetic nanoparticles (MNPs) treated with phosphoric acid were used to improve sequence coverage in protein identification by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI MS). Sample solution of tryptic peptides from proteins was mixed with the MNPs, and the MNPs were separated from the supernatant using a magnet. MALDI mass spectra obtained separately from the supernatant and the MNPs were distinctly different and complementary to each other. Combination of the two spectra led to a significantly increased sequence coverage.

MALDI MS을 이용한 단백질 분석에서 인산으로 처리한 자성나노입자를 이용하여 단백질서열확인을 향상시킬 수 있었다. 단백질을 트립신으로 가수분해 시킨 펩타이드 시료에 자성나노입자를 넣고 섞어준 다음, 자석을 이용해 자성나노입자와 상층액을 분리시켰다. 분리된 자성나노입자와 상층액은 각각 상당히 다른 MALDI 질량분석 스펙트럼을 얻을 수 있었고, 서로 상호보완적이었다. 이 두 스펙트럼을 조합하여 단백질 서열확인을 확실히 증대시킬 수 있었다.