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비표적 대사체학 연구의 메타 분석법 비교 : Comparison of meta-analysis approaches for untargeted metabolomics: from raw data to pathway analysis
DC Field | Value | Language |
---|---|---|
dc.contributor.advisor | 박정일 | - |
dc.contributor.author | 윤영철 | - |
dc.date.accessioned | 2021-11-30T04:34:07Z | - |
dc.date.available | 2021-11-30T04:34:07Z | - |
dc.date.issued | 2021-02 | - |
dc.identifier.other | 000000165117 | - |
dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/10371/175800 | - |
dc.identifier.uri | https://dcollection.snu.ac.kr/common/orgView/000000165117 | ko_KR |
dc.description | 학위논문 (석사) -- 서울대학교 대학원 : 약학대학 약학과, 2021. 2. 박정일. | - |
dc.description.abstract | 대사체학 연구에서 메타분석의 중요성이 커짐에 따라 메타분석을 위한 다양한 소프트웨어와 분석기법이 개발되고 있다. 본 연구에서는 간암 환자와 간경변 환자의 임상 시료를 비교한 공공 데이터를 이용하여 대사체 분석을 위한 대표적인 메타 분석법 3가지를 비교할 것이다.
LC-MS를 이용한 두 공공 데이터를 분석하였으며 (1) Manual integration, (2) metaXCMS를 이용한 메타분석, (3) Multimodal XCMS를 이용한 메타분석을 통해 데이터를 결합한 다음 mummichog 기반의 경로 분석(pathway analysis)을 통해 결과를 비교하였다. 그리고 기체크로마토그래피-질량분석기의 데이터와 표적 액체크로마토그래피-질량분석기 데이터를 분석하여 결과를 검증하였다. (1) Manual integration에서는 일부 batch가 1차 담즙산 합성 경로에서 유의미한 차이가 나타났다고 예측했으나 다른 배치에서는 예측하지 못하였다. 또한, 각 배치의 p-value가 극명한 차이를 나타내었다. (2) metaXCMS를 이용한 메타분석에서는 1차 담즙산 합성 경로, 분지쇄아미노산 분해 대사, 헴 분해 대사의 변화를 예측했으며 기체크로마토그래피-질량분석기의 결과와 표적 액체크로마토그래피-질량분석기의 결과가 이를 뒷받침하였다. (3) Multimodal XCMS는 1차 담즙산 합성 경로를 제외하고 유의미한 대사경로의 변화를 예측하지 못하였다. 이 연구를 통해서 metaXCMS를 이용한 메타 분석법이 효과적이고 신뢰 가능한 meta-metabolomics연구방법임을 제시하였다. | - |
dc.description.abstract | As the importance of meta-analysis in metabolomics is growing rapidly, many tools and software have been developed. Here, we present a comparison of meta-analysis methods using public data that compare hepatocellular carcinoma and cirrhosis.
Two public data analyzed using LC-MS were combined by (1) manual integration, (2) metaXCMS, (3) Multimodal XCMS, and then we applied pathway analysis based on mummichog. GC-MS data and targeted LC-MS data were collected to support the results. (1) In manual integration, some batches can predict a significant difference in primary bile acid biosynthesis, while others cannot predict. Also, the p-value of each batch differs obviously. (2) metaXCMS method can predict a change of primary bile acid biosynthesis, BCAA metabolism, and heme degradation pathway. This result can be supported by targeted LC-MS data and GC-MS data. (3) Multimodal XCMS has no significant results except the predicting alteration of primary bile acid biosynthesis. Our study shows that meta-analysis using metaXCMS is an effective and reliable approach to meta-metabolomics. | - |
dc.description.tableofcontents | 국문초록 1
목 차 3 List of Figures 5 List of Tables 7 List of Abbreviations 9 Ⅰ. 서 론 10 Ⅱ. 실 험 12 1. 공공 데이터 12 1.1 MTBLS17 & MTBLS19 13 1.2 MTBLS105 15 2. 메타 분석 16 2.1 Manual integration 16 2.2 metaXCMS 17 2.3 Multimodal XCMS 18 3. 대사경로 분석 19 Ⅲ. 결과 및 고찰 21 1. 크로마토그램 데이터 프로세싱 21 2. Combat: Batch effect correction 22 3. 대사경로 분석 24 3.1 Manual integration 24 3.1.1 Manual integration: Biocyc 데이터베이스 24 3.1.2 Manual integration: KEGG 데이터베이스 26 3.2 metaXCMS 28 3.2.1 metaXCMS: Biocyc 데이터베이스 28 3.2.2 metaXCMS: KEGG 데이터베이스 30 3.3 Multimodal XCMS 32 4. Biocyc 데이터베이스와 KEGG 데이터베이스의 비교 33 Ⅳ. 결 론 34 Ⅵ. 참고문헌 35 Abstract 37 | - |
dc.format.extent | 38 | - |
dc.language.iso | kor | - |
dc.publisher | 서울대학교 대학원 | - |
dc.subject | 메타분석 | - |
dc.subject | 대사체학 | - |
dc.subject | 공공데이터(public data) | - |
dc.subject | mummichog | - |
dc.subject | metaXCMS | - |
dc.subject | Multimodal XCMS | - |
dc.subject.ddc | 615 | - |
dc.title | 비표적 대사체학 연구의 메타 분석법 비교 | - |
dc.title.alternative | Comparison of meta-analysis approaches for untargeted metabolomics: from raw data to pathway analysis | - |
dc.type | Thesis | - |
dc.type | Dissertation | - |
dc.contributor.AlternativeAuthor | Young Cheol Yoon | - |
dc.contributor.department | 약학대학 약학과 | - |
dc.description.degree | Master | - |
dc.date.awarded | 2021-02 | - |
dc.embargo.liftdate | 2024-03-01 | - |
dc.identifier.uci | I804:11032-000000165117 | - |
dc.identifier.holdings | 000000000044▲000000000050▲000000165117▲ | - |
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